Durante todo el siglo XIX dedicó su actividad a la aclimatación de especies vegetales procedentes de otros puntos del país, y anteriormente, entre el año 1567 –el de su fundación– y el siglo XIX, se dedicó al cultivo de plantas
medicinales. En este extenso periodo de tiempo cambió su ubicación en diferentes ocasiones, hasta su emplazamiento actual, en el Huerto de Tramoyers. A lo largo de toda su historia, el jardín se ha visto afectado por los avatares históricosde nuestro país. A comienzos del siglo XIX habría de comenzar su periodo de mayor esplendor: se creó una escuela que sintonizaba con las teorías botánicas más modernas y se inauguró un curso de clases teóricas. Pero poco después, en 1811, su desarrollo se vio truncado por la llegada de las tropas napoleónicas a la ciudad del Turia.
Tras su salida, el jardín retomó su curso: se aumentó el número de especies que ya albergaba –hoy suman 4.500– y se facilitó el cultivo de otras nuevas.
Durante la Guerra Civil, el declive del Jardín Botánico se hizo de nuevo patente, y la inundación que sufrió la ciudad en 1957 lo arrasó y echó a perder todo el archivo de plantas cultivadas hasta el momento. A partir de entonces comenzaron las labores de recuperación que llevaría, dos décadas más tarde, a iniciar el verdadero proceso de restablecimiento que dio al jardín el esplendor del que goza hoy.
En la actualidad, las principales vías de actuación del Jardín Botánico de la Universidad de Valencia discurren por la investigación científica para la conservación –mostrando especial cuidado a las especies endémicas valencianas– y la actividad didáctica con jóvenes estudiantes.
No obstante, se trata también de un lugar que despierta un enorme interés en aficionados a la botánica y turistas. Entre los lugares de mayor interés dentro del recinto destacan la Muntanyeta, un pequeño promontorio con un ecosistema ampliamente diversificado; la rocalla del Roquedal, donde las especies endémicas de la flora valenciana encuentran su lugar; el Bosque, con caminos serpenteantes flanqueados por árboles de gran tamaño; el invernadero tropical, cuya estructura de hierro soporta el pesode 465 metros cuadrados de vidriera; la colección de palmeras, que cuenta con al menos dos centenares de especies
(desde las enanas hasta las que alcanzan los 30 metros de altura), o la zona de plantas medicinales, donde estas se distribuyen según las funciones fisiológicas que cumplen.
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